首先我们必须要说的是，当我们开始讨论这个区别的时候，我们有必要界定一下公司转让和资质转让。
其实公司转让和资质转让都是我们通俗的叫法，公司转让通常指的是没有特别资质的公司进行的转让，而资质转让则通常指的是有一些相应资质的公司进行的转让。
通过以上的定义，就很能看出两者的本质区别，就是一个没有资质，一个有资质。对于公司转让的收购方来说，资质转让也是公司转让，但收购方是因为看中对方的资质而采取的收购行为，目的是为了获取被收购方的资质。
从流程上来说，公司转让和资质转让，包括建筑资质转让，基本的前端都成都是一样的，那就是普通的公司股权变更手续，通过股权变更从而实现了对被收购方的控制。但资质转让和建筑资质转让后面还会涉及到资质手续的办理，而建筑施工资质还会进一步涉及到安全生产许可证的办理，变更手续上多了一些步骤而已。
但从根本上来说，公司转让和资质转让都是公司的股权转让，只是因为标的公司的属性不同，而导致侧重点发生了一些变化，叫法也就不一样，目的是为了让大家更容易理解。